フォルダとタグフォルダの最も大きな違いは、フォルダにはアクセス権の管理があり、タグフォルダにはアクセス権管理がないことです。アクセス権を管理する必要がある場合はフォルダ、アクセス権は同じでノートを分類整理する場合はタグフォルダを利用すると便利です。詳しくはマニュアルを参照してください。