「図形を描く」にチェックを入れたペン（定規）で描いた線が消しゴムで消せません。

GEMBA Noteでは、通常のペンで描いた線とデータの構造が異なるため、消しゴムで消すことはできません。投げ縄やタップ等で選択し、コンテキストメニューから「削除」をタップして削除します。
法人版のGEMBA Note for Business Ver.3では、消しゴムで消すことができるようになっています。